Atualmente, o Hospital Ana Nery contempla 8 unidades do serviço de farmácia hospitalar, distribuídas estrategicamente na instituição, uma CAF – Central de Abastecimento Farmacêutico, mais 7 unidades de farmácia satélite descentralizadas que visa à racionalização da dispensação, distribuição de medicamentos e produtos médicos de forma eficiente e segura para todas as unidades assistenciais do hospital. Isso permite um melhor atendimento ao paciente, melhor controle de estoque, e uma assistência farmacêutica adequada, visto a alta complexidade e a individualidade do cuidado por área de atendimento (centro cirúrgico, UTIs adulto e pediátrica, enfermarias, hemodiálise, hemodinâmica, bioimagem). 

E, uma unidade de Farmácia do Componente Especializado da Assistência Farmacêutica (CEAF-HAN), que está localizada no complexo do HAN, a farmácia CEAF é uma estratégia de acesso a medicamentos no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS), em nível ambulatorial, voltada para garantir o tratamento medicamentoso de forma humanizada, com equidade, integralidade e sem gerar nenhum custo aos pacientes.

A distribuição de medicamentos está definida em Protocolos Clínicos e Diretrizes Terapêuticas (PCDT), publicados pelo Ministério da Saúde e pela Secretaria de Saúde do Estado da Bahia (SESAB). Vale salientar que esse acesso é exclusivamente custeado pelo SUS. A farmácia contempla atendimento aos pacientes transplantados, cardiopatas, e em Terapia Renal.

Atualmente, tem sido uma das maiores farmácias do Estado em volume de assistência, com a média de atendimentos de 6.850 pacientes por mês.